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Showing posts from 2020

Mi propuesta para una Democracia Digital Directa en Colombia

Por un país con mas igualdad de oportunidades, unámonos! Durante estos años de estudio en este maravilloso país que me acoge, lejos de mi familia y en plena pandemia, he tenido la fortuna de ver a Colombia desde 20 mil pies de altura. He sido capaz de, después de 6 años de fructífero trabajo de Doctorado, analizar como el país ha tristemente involucionado hacia un caos que lo aposenta en deshonrosos puestos a nivel mundial , a nombrar: - 98/198 en indice de corrupción percibida  - Pais con mayor indice de terrorismo en todo el continente americano (19 en el mundo ) - Pais mas desigual del mundo después de Haití y Angola. Tuve la fortuna de trabajar con el Institute of Economics and Peace en Sydney, y encontré algo que me llamó la atención. Hay una correlación estadística inversa entre los índices de paz y los de corrupción , i.e. entre mas corrupción haya en un Gobierno, mas violenta se torna la situación social del país en cuestión ( https://www.economicsandpeace.org/wp-conten...

My COVID-19 jupyter notebook

Over the last few weeks I have been working on the understanding of the COVID-19 genome. As a Computer Scientist, I was able to work out a way to compare genome sequences and this post is the result of my comparison. I needs way much more understanding that is way beyond my knowledge, and I am sharing this unfinished work for anyone interested in the topic that can give a hand on understanding genomic similarities, field which is not my expertise. First of all, let me explain what was the idea: originally coming from Kaggle call of arms, we want to understand how the virus evolved into human contagion, and the best way to start is from analysing the genomic sequences. I started taking the genomes published in GenBank. I decided to make the following strategy: 1. Download the FASTA files found on GenBank of:         - COVID-19 from Wuhan         - SARS found in bats         - COVID-19 reported in Spain     ...

Covid-19 Genome analysis

Covid-19 Genome analysis In [2]: import pandas import numpy as np import sklearn.cluster import distance In [3]: genomes_df = pandas . read_csv ( "/Users/johncalvo/Downloads/covid_sequences.csv" ) genomes_df . head () Out[3]: Virus version Nucleotides sequence 0 >MT198652 |Severe acute respiratory syndrome c... AGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTC... 1 >MT198653 |Severe acute respiratory syndrome c... AGATCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTC... 2 >MT192758 |Severe acute respiratory syndrome c... CCGCAATCCTGCTAACAATGCTGCAATCGTGCTACAACTTCCTCAA... 3 >MT186679 |Severe acute respiratory syndrome c... CGCGATCAAAACAACGTCGGCCCCAAGGTTTACCCAATAATACTGC... 4 ...